Tuy vậy, giữa các tín đồ đã xuất hiện những khác biệt về quan điểm tu tập và tổ chức đạo. Tín đồ đầu tiên Ngô Minh Chiêu giữ quan điểm tịnh tu và bình đẳng giữa các tín đồ, đã từ chối ngôi Giáo tông, cùng một số tín đồ tu tập độc lập với các nhóm Cao Đài còn lại, về sau các đệ tử ông Chiêu hình thành Hệ phái Cao Đài Chiếu Minh.